上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女雅夫人压低着声音惶急地问了一句，没等陈源回答，她就更加慌乱地说：你是不是想和我睡觉？是的话，你可以尽管睡，真的，我不会反抗的，只要你不要杀我，求求你不要杀我。友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下..